Το Οργανωτικό Πλάνο της ΚΕΠΠΕΔΗΧ-ΚΑΜ μπορεί να αναλυθεί σε τρία επίπεδα:

Κέντρο Αρχιτεκτονικής της Μεσογείου (ΚΑΜ), η Κοινωφελής Επιχείρηση Πολιτισμού και Περιβάλλοντος του Δήμου Χανίων (ΚΕΠΠΕΔΗΧ) και η υποστηριζόμενη κοινωνική δομή του ΚΗΦΗ.

Το Συμβούλιο αποτελείται από τον Πρόεδρο, τον Αντιπρόεδρο και 9 μέλη, ενώ έχουν ορισθεί και έντεκα ορισμένα αναπληρωματικά μέλη.